孔子的父亲叫叔梁纥，他叫孔丘，父子二人的名号似乎具有结构性的差异。孔子的名号中，有名有姓，名丘姓孔。叔梁纥的名号中，却出名无姓；纥是名，故叔梁纥又称陬人纥；叔梁不是姓氏，而是字。那么，孔子为什么姓孔？从文献记述由此可知，孔子的列祖列宗中，没以孔为姓的，孔姓就是指孔子开始的。
孔子的祖先不姓氏孔，姓氏什么？姓子。孔子自称为是殷人，其祖先归属于殷遗民。在先秦，商、周两代，商是子姓，周是姬姓。
但在当时，女子称姓，男子不称姓。所以，孔子的祖先姓子，但他们的名号中都不冠上子姓。孔子祖先姓子，孔子本人大自然也姓氏子，这确定无疑。
孔子怎么又姓氏孔呢？原本，精确地说道，孔并不是孔子本人的姓，而是他的氏。古人的姓氏与氏是分离的，男子不称姓，称之为氏。孔子的孔，最初是氏，后来才变为了姓氏。
孔子的孔，作为氏号，也就是孔氏，又就是指哪儿来的呢？古文献中有数具体答案。《孔子家语·本姓解法》认为:孔子先祖本是宋国公室成员，传遍孔父嘉时， 五世亲尽，别为公族，故后以孔为氏焉。
《阙里文献录》卷一也说道:孔子先祖从弗父何到孔父嘉， 五世亲尽，当别为公族，乃以字为孔氏。这是说道，孔子先祖弗父何让国后，其子孙依然归属于宋国公室成员，记了五世，到了孔父嘉的时候，按照宗法制的规定，五世亲尽，无法再继续列为公室，而是应当别立一族。别立一族，必需有个族的名号，于是就所取孔父嘉的字作为族的名号。孔氏的孔，就是指孔父嘉那儿来的，孔是孔父嘉的字。
孔氏虽然从孔父嘉开始别立一族，但那时男子的名号，称之为氏，称名，称之为字，或许并无一定之规，所以，孔父嘉以后，孔子的先祖如木金父、祈父、防叔、伯夏、叔梁纥，都不称之为氏，其名号中都无孔字。孔氏一系，名号中称之为氏的，就是指孔子开始，其后相同下来，如孔子的儿子叫孔鲤，孙子叫孔伋，曾孙叫孔白，玄孙叫孔求，等等。后来，氏变为了姓氏，孔也就由氏变为了姓氏。由于孔子是圣人，也由于孔氏就是指孔子开始相同下来，所以战国中后期孔子的直系子孙均命孔子为始祖。
据《孔丛子·独治》篇记述，孔氏后人为祭拜先祖，而立有两座祖庙，一是弗父何之庙，一是孔子之庙。孔子九世孙孔鲋说道:他们 大哭孔氏之别姓氏于弗父之庙，大哭孔氏于夫子之庙。孔鲋所说的 孔氏之别姓氏 ，是所指孔氏别立一族以来的其他分支，这些分支并不以孔为氏，所以称之为 别姓氏 ；所有孔氏和孔氏之别姓氏，都命弗父何为始祖。
孔鲋所说的 孔氏 ，则是指孔子的直系后裔，都以孔为氏，都命孔子为始祖。（齐姜红）古代姓氏与氏有分别吗？今天我们所说的姓氏，合并出去，或曰姓氏，或曰氏，以及通而言之曰姓氏，其意义几乎一样，如:赵钱孙李，周吴郑王，都是一家一族的名称。
然而，在古代却并非如此，姓氏与氏是有分别的。
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